Film opowiada o 11 letniej Koralinie, która przeprowadza się z rodzicami do starego wiktoriańskiego domu. Pewnego dnia, gdy dziewczyna narzeka rodzicom na brak zajęcia, jej tata każe jej zliczyć wszystkie okna i drzwi w domu. Zwiedzając mroczne zakamarki starego domu stwierdza, że 13 drzwi otwiera się bez problemu i prowadzą do rzeczywistych miejsc. Jednak 14 drzwi w pracowni, prowadzą do spowitego mgłą przejścia, które prowadzi do alternatywnej rzeczywistości. Równoległy świat zamieszkuje alternatywna wersja jej rodziców i sąsiadów, którzy zamiast oczu posiadają guziki. Rodzice dziewczynki z równoległego świata starają się przekonać Koralinę, aby została z nimi, twierdząc, że będzie mieć tu lepsze życie oraz będzie ona mocniej kochana niż w rzeczywistym świecie. Przez pewien czas wszystko wydaje się być w porządku, jednak „nowi” rodzice planują za wszelką cenę zatrzymać ją przy sobie. Kiedy Koralina chce wrócić do swojego świata, nowa mama używa magii, a ojciec brutalnej przemocy, aby ją zatrzymać, dodatkowo porywają jej prawdziwych rodziców. Dziewczynka musi przezwyciężyć własny strach i uwolnić prawdziwych rodziców oraz dusze trójki zabitych dzieci. Nagle pojawia się czarny, mówiący ludzkim głosem kot, który oferuje swoją pomoc.
Shrek jest zielonym, straszącym ludzi ogrem. Pewnego dnia przypadkiem ratuje z opresji Osła, uciekającego przed rycerzami Lorda Farquaada. Ten w ramach wdzięczności, a także w trosce o własną skórę, postanawia towarzyszyć Shrekowi, z czego ten nie jest zadowolony. Wkrótce w domu Shreka, położonym na zacisznym bagnie, pojawiają się inne baśniowe stwory. By pozbyć się nieproszonych gości, Shrek postanawia interweniować u samegoFarquaada. Niestety, okazuje się, że to nie takie łatwe, gdyż Farquaadzleca mu wykonanie w zamian przysługi – uwolnienia księżniczki Fiony z twierdzy bronionej przez Smoka. W czasie drogi powrotnej Shrek coraz bardziej zdaje sobie sprawę ze swoich uczuć względem Fiony. Nie domyśla się, że Fiona coś ukrywa...
Fiona
Fiona jest królewną więzioną w zamku pilnowanym przez Smoczycę, została zaklęta w dzieciństwie, co noc zamienia się w ogra. Czar może zwalczyć rycerz, który ją uwolni i poślubi. Fiona zostaje uwolniona przez Shreka, który ma ją dostarczyć Lordowi Farquaadowi. Shrek zakochuje się w niej z wzajemnością, ślub Fiony z Lordem zostaje przerwany, lord zostaje pożarty przez Smoczycę. Fiona i Shrek biorą ślub, dzięki czemu Fiona na zawsze przemienia się w ogra.
Osioł
Osioł jest przyjacielem Shreka. Poznali się w pierwszej części filmu, gdy właścicielka Osła chciała go sprzedać natargubaśniowychpostaci rycerzom Lorda Farquaada. Osioł pomaga Shrekowi uwolnić ze smoczej wieży królewnę Fionę, następnie zaś nie dopuszcza do jej małżeństwa z Lordem. W tej części osioł żeni się ze Smoczycą. Jest daltonistą. Uwielbia kremówki i tort, chciałby nosić własne ubrania i piekielnie boi się ognia.
Smoczyca
Smoczyca pilnuje zamku, gdzie jest więziona Królewna Fiona. Tam podczas włamania Shreka spotyka Osła, w którym się zakochuje. Pod koniec filmu zjada Lorda Farquaada.
